Bilim Sanat Merkezilerinin organizasyon yapısı kuruma özgü çeşitli birimlerden oluşur.

Yönetim birimi; müdür, müdür yardımcıları ile merkez yürütme kurulu ve merkez danışma kurulundan oluşur.

Eğitim-Öğretim Birimleri ve Yardımcı Birimler ise şöyle şekillenir:

Eğitim-Öğretim Birimleri

· Bilim Etkinlikleri Birimi

· Sanat ve Spor Etkinlikleri Birimi

· Destek Etkinlikleri Birimi

Yardımcı Birimler

· Rehberlik ve Psikolojik Danışma Birimi

· Araştırma, İzleme, Geliştirme ve Dokümantasyon Birimi

Her birimde birim başkanı (öğretmen) ve öğretmenler görev yapar.