Bilim ve Sanat Merkezine başlayan öğrenciler 5 aşamalı bir eğitim programına alınmaktadır.

Tüm programlar, öğretmenler tarafından öğrenci merkezli, disiplinler arası, modüler yapıda; öğrencilerin yaratıcılığını, sorunlara farklı yaklaşım ve çözüm bulma becerilerini geliştirecek ve yetişkinlik dönemlerindeki şartlara hazırlayacak nitelikte bireyselleştirilerek hazırlanmaktadır. Programların uygulanmasında okuldan tamamen farklı özel eğitim yöntem ve teknikleri, imkanlar ölçüsünde özel materyaller kullanılmaktadır. BİLSEM’ de bireysel eğitim esas olmakla birlikte öğretmen, mekan vb. kısıtlılıklar nedeniyle çoğunlukla 2- 7 kişilik küçük gruplarla eğitim yapılmaktadır. Bilim ve Sanat Merkezinde eğitim, öğrencilerin örgün eğitimlerinden farklı olarak gerçekleştirilmektedir. Öğrenciler okullarında geçer not alma ve sınavlara hazırlanma amacıyla hareket ederken, BİLSEM’ in yapısında sınıf geçme, not alma vb. amaçlar yer almadığından bunun yerine süreç odaklı, proje tabanlı öğrenme modeliyle eğitim sağlanmakta ve öğrencilerin istenilen niteliklere uygun ürün/projeler gerçekleştirmeleri beklenmektedir.

1-) Uyum Programı: BİLSEM’e yeni başlayan öğrenciler ve velileri 40 ders saati ve iki aylık süreyi geçmeyecek şekilde bir uyum programına alınmaktadır. Uyum programı veli, öğretmen, öğrenci herkesin birbirini anlamaya çalıştığı, ortak bir dil oluşturulmaya çalışıldığı aşamadır. Tamamen öğrencileri tanımaya yönelik etkinlikler planlanmakta ve uygulanmaktadır. Kurumun daha önceden oluşturulmuş misyonu, vizyonu, ilke ve değerleri etkinliklere katılanlara aktarılmaktadır. Uyum programı sonunda, Veli-Öğrenci-BİLSEM bütünleşerek, ortak amaçlara doğru ilerleyebilecek duruma gelmektedir.

2-) Destek Eğitimi Programı: Destek eğitim programı ilkokul düzeyinde başladığında haftalık 6 ders saati şeklinde ilkokul bitene kadar, ortaokul düzeyinde başladığında ise haftalık 8 ders saati olacak şekilde 1 yıl olarak uygulanmaktadır. Destek eğitim programında öğrenciler iletişim becerileri, grupla çalışma teknikleri, öğrenme becerileri, problem çözme teknikleri, bilimsel araştırma teknikleri, girişimcilik, eleştirel düşünme, yaratıcı düşünme, karar verme, kaynakları etkin kullanma; Fen Bilimleri, Matematik, Türkçe, Sosyal Bilimler, Yabancı Dil, Bilişim Teknolojileri, Teknoloji Ve Tasarım, Görsel Sanatlar, Müzik ve benzeri alanlar ile ilişkilendirilerek eğitime alınırlar.

3-) Bireysel Yetenekleri Fark Ettirici Program: Bireysel yetenekleri fark ettirici program kapsamında bir öğrenci, en az 2 en fazla 4 alanda eğitime devam etmektedir. Bu program bir alandan haftada 4 saat, toplam 8 ders saati olacak şekilde 2 yıl boyunca uygulanmaktadır. Bu programda temel amaç, BİLSEM’ e soyut ve genel bir zihinsel yetenek tanısıyla gelen öğrencinin yetenekli olması muhtemel tüm disiplinleri öğrenciye tanıtmaktır. Bu program sürecinde öğrencinin disipline olan ilgisi, öğrenme hızı, merak, alanda derinlemesine bilgi isteği, yaşamsal süreçlerdeki problemleri alana taşıyarak çözüm bulma girişimleri gibi özelliklerini gözlemlemeye yönelik etkinlikler planlanmakta ve uygulanmaktadır. Uygulanan program sonunda öğrencilerden elde edilen bulgular, Öğretmenler Kurulunda değerlendirilerek her öğrencinin özel yetenek alanı ve/veya alanları belirlenmektedir.

4-) Özel Yetenekleri Geliştirme Programı: Bu programda, BİLSEM’e soyut ve genel bir zihinsel yetenekle gelen öğrencinin yeteneğinin performansa dönüştüğü özel alan artık tespit edilmiş durumdadır. Önceki programlar sonucunda öğrencinin yetenekli olduğuna karar verildiği en fazla 2 bilim veya sanat alanında derinlemesine veya ileri düzeyde bilgi, beceri ve davranış kazandırma amaçlanmaktadır. Programda belirlenen ve geliştirilmesi amaçlanan özel yetenek alanları Fen Bilimleri, Sosyal Bilimler, Matematik, Müzik, Görsel Sanatlar ve Dil Sanatları’dır. Özel Yetenekleri Geliştirme Programı bir alandan haftada 4 saat olmak üzere 2 yılı geçmeyecek şekilde uygulanmaktadır.

5-) Proje Üretimi/Yönetimi Programı: Bu programda, öğrenciler ilgi, yetenek ve tercihlerine göre proje gruplarına ayrılır ve kendi seçtikleri proje üzerinde çalışarak disiplinler arası çalışma ve farklı becerilerin sentezini gerçekleştirmeye yönelik projeler hazırlanır. Öğrencilerin danışman öğretmenler rehberliğinde kendi seçecekleri projeler doğrultusunda çalışmaları, geliştirdikleri çözüm uygulamaları ve bu süreç içerisinde öğrenmeleri temel alınır.