Kayıtları yapılan öğrencilerin hazır bulunuşluk düzeyi ölçüldükten sonra Bilim ve Sanat Merkezlerinde;

a) Uyum (Oryantasyon), b) Destek Eğitimi; 1) İletişim Becerileri, 2) Grupla Çalışma Teknikleri, 3) Öğrenme Yöntemleri, 4) Problem Çözme Teknikleri, 5) Bilimsel Araştırma Teknikleri, 6) Yabancı Dil, 7) Bilgisayar, 8) Sosyal Etkinlikler, c) Bireysel Yetenekleri Fark Ettirme, ç) Özel Yetenekleri Geliştirme, d) Proje Üretimi/Yönetimi alanlarında düzenlenmiş eğitim programlarına alınırlar.

Programların belli bir tamamlama süresi bulunmamakta olup öğrenci programlarda kendi öğrenme hızına göre ilerler. Öğrenciler program aşamalarındaki performans, istek, gayretli olmalarına ve devamlarına bağlı olarak eğitimlerine liseyi bitirene kadar devam edebilir. Tüm programlar öğrenci merkezli, disiplinler arası, modüler yapıda; öğrencilerin yaratıcılığını, sorunlara farklı yaklaşım ve çözüm bulma becerilerini geliştirecek ve yetişkinlik dönemlerindeki şartlara hazırlayacak nitelikte bireyselleştirilerek hazırlanır. Programların uygulanmasında okuldan tamamen farklı özel eğitim yöntem ve teknikleri, özel materyaller ve özel eğitim ortamları kullanılır. Bilsem’lerde bireysel eğitim esas olmakla birlikte öğretmen, mekan vb. kısıtlılıklar nedeniyle çoğunlukla 3-5 kişilik küçük gruplarla eğitim yapılır. Bilim ve Sanat Merkezlerindeki eğitim, öğrencilerin örgün eğitimlerinden farklı olarak gerçekleştirilir. Okullarında öğrenciler geçer not alma ve sınavlara hazırlanma amacıyla hareket ederken, Bilsem’ in yapısında sınıf geçme, not alma vb. amaçlar yer almaz. Bunun yerine süreç odaklı, proje tabanlı öğretim modeliyle öğretim sağlanır ve öğrencilerin istenilen niteliklere uygun projeler gerçekleştirmeleri beklenir.